La flore de Rodrigues a malheureusement beaucoup souffert de la déforestation et de l'érosion des sols. A cause de l'action de l'homme et de l'élevage intensif et mal encadré, de nombreuses espèces de plantes endémiques ont disparus.
D'après la Mauritian Wildlife Foundation (MWF) 94% des plantes endémiques de Rodrigues sont en voie d'extinction. Les feuilles des espèces médicinales sont utilisées pour la production d'objets artisanaux.
Depuis 2000, la situation s'est aggravée, car pour la fabrication de paniers, sacs et autres objets, les artisans puisent dans les réserves naturelles, pour dénicher les feuilles de vacoas ou de lataniers.
Des efforts ont été engagés pour préserver la nature qui recèle quelques espèces rares, comme le bois gandine, le café marron ou l'hibiscus à fleur rose. L'exemple du café marron est frappant. Il ne restait qu'un seul exemplaire de cette plante unique au monde, existant seulement à Rodrigues et retrouvée par hasard dans les années 80. Cette plante est une petite cousine du caféier, haute d'une trentaine de centimètres, et elle poussait jadis partout comme de la mauvaise herbe sur l'île. Des boutures prélevées sur cet unique arbuste ont permis de replanter 8 café marron à Rodrigues.
Depuis 2001 différentes opérations menées par la MWF et de nombreux habitants ont permis de replanter environ 60 000 graines de plantes endémiques, dont 30 000 vacoas.

Les habitants de l'île ont pris conscience des richesses naturelles de leur petit bout de terre et oeuvrent pour que les erreurs du passé ne se reproduisent pas. Mais le véritable fléau à venir, véritable menace pour l'environnement serait un trop rapide développement touristique.